输尿管有结石会引起剧烈的上腹部疼痛以及腰部疼痛，疼痛可沿输尿管方向波及周围的泌尿生殖系统，比如睾丸、阴茎或者是阴唇等，从而给患者带来巨大的痛苦。结石还会对输尿管黏膜造成损伤，引起肉眼可见的血尿。
当输尿管结石引起的疼痛比较剧烈时，还可能会引起胃肠道症状，比如恶心、呕吐。如果结石直径较大，将输尿管完全堵塞，尿液会反流至肾脏当中，会引起肾积水、急性肾盂肾炎等肾脏疾病。
如果是双侧的输尿管出现结石，并且完全堵塞，可能会导致肾功能不全或者是尿毒症。