牙龈萎缩、牙根发黑可以采取以下处理措施：
1.牙颈部附着大块结石压迫牙龈退缩，暴露颜色较深的牙根时，可以应用超声波洁治，结合龈下刮治彻底清除结石，缓解牙龈出血。如果根面已经形成龋洞，可以采用低速球钻缓慢磨除腐坏牙体组织，使用复合树脂或玻璃离子水门汀等充填。
2.如果牙槽骨垂直性吸收暴露1/3以上牙根时，可以进行牙龈翻瓣手术，清除病变骨质和肉芽组织，放置骨粉和骨膜促进新生骨质形成，牙龈逐步恢复正常高度后可以覆盖牙根。
3.如果磨牙的根分叉暴露，牙髓坏死导致牙冠变色，可以磨开髓腔摘除牙髓，完成根管治疗后制作烤瓷或全瓷牙冠修复。