脑囊虫病和脑血吸虫病的病原体不同。脑囊虫病是由于肠绦虫病引起，导致脑囊虫病的是绦虫的包囊，绦虫的包囊可以顺着血液系统进入到大脑，进入大脑的绦虫可以对脑组织造成损伤，导致患者出现神经系统症状。
脑血吸虫病的病原体是血吸虫，血吸虫的虫卵可以通过血液系统进入大脑，然后沉积在大脑组织内，导致大脑发生炎症，对脑细胞进行破坏。
脑囊虫病和脑血吸虫病的临床表现，没有特异性的表现，只是发病原因的不同，患者可以表现为脑炎症状，有些患者会出现神经功能缺损。