肛门有肉球疼的原因有很多，可能是以下的疾病引起：
1.痔疮，比较严重的内痔在腹压增高的时候，会脱出肛门形成肉球。如果经常受到摩擦或者出现感染，会造成痔核充血、水肿，导致肛门疼痛剧烈。可伴有便血、肛门坠胀、瘙痒等不适。
2.肛乳头瘤，比较严重时也会突出肛门形成一个肉球，压迫肛门局部的神经，会引起疼痛，排便时会出血。
3.肛管息肉脱出肛门，也会形成一个肉球。如果经常受到摩擦，表面的黏膜会发生糜烂，引起肛门疼痛，特别是排便的时候受到粪便的刺激、摩擦，疼痛会加重，可能会引起大便出血。