小肠钩虫病的治疗，主要以驱虫的药为主，常用的药物有阿苯达唑、甲苯达唑。左旋咪唑也可以用于小肠钩虫病的治疗。
驱虫的药物，对于钩虫的成虫和虫卵都具有杀伤的作用，可以彻底的消灭肠道内的钩虫。但是，要掌握好适当的疗程，防止钩虫病情反复发作。在口服驱虫药时，要掌握好服用方法，尽量空腹口服驱虫的药物，服药期间要减少脂肪类食物的摄入。
小肠钩虫病可以导致患者发生贫血的症状，要对患者贫血的症状同时进行治疗，可以口服补铁的药物。如果患者是严重的贫血，需要给予患者输血的药物治疗。同时，要注意做好劳动保护，防止钩虫的再次感染。