如果感染尼帕病毒出现呼吸衰竭的情况，首先应给予抢救措施，以抢救患者的生命为主，可以给予吸氧治疗，快速建立起呼吸通道。
如果已经出现合并肺炎的情况，要针对其并发症进行治疗。目前对于这种疾病可使用抗病毒的药物，减少其发热的时间，缓解其症状。尼帕病毒主要以临床支持治疗，并且加强患者护理为主。
但是针对这种疾病并没有准确的治疗方式，通常可给予对症、抗炎以及补液的方法进行综合性治疗，也需要及时隔离，避免发生暴发性感染。