尿尿时尿道刺痛应当先确定病因，再进行相应的治疗。
如果尿尿时尿道刺痛为感染因素所引起，比如膀胱炎或者是尿道炎，一般还伴有尿急、尿不尽、尿频等相关症状。在确诊以后主要是进行抗感染治疗，比如左氧氟沙星、阿莫西林等，也要多饮水、多排尿，7~10天左右能够恢复正常。
如果是尿道结石所引起的尿道刺痛，如果无法自动排出应当进行输尿管软镜碎石，当结石排出后，尿道刺痛的症状会消失。如果是轻度的尿道损伤所引起的尿道刺痛，一般不需要进行特殊治疗，患者应多休息，清淡饮食，通常3~5天左右会自愈。