马方综合征的危害主要是以心血管系统并发症和眼部并发症的危害为主。
第一，心血管系统，这是马方综合征最严重的并发症，其中常见的有主动脉瘤现象引起的主动脉夹层发生。这种主动脉夹层发生之后，患者常常出现剧烈的胸痛症状发生，并且由于发病突然，救治不及时引起患者出现死亡的现象发生。此外，如果合并其他心脏结构异常改变，比如二尖瓣脱垂，常常引起心力衰竭的现象反复发生。
第二，眼部系统，常常引起视网膜剥离以及白内障或者青光眼发生，导致患者视物不清，甚至视力丧失的现象发生，严重影响患者的生活质量。