引起手足口病的病毒和引起疱疹性咽峡炎的病毒可能是同一种病毒，比如柯萨奇A组病毒可导致疱疹性咽峡炎，也可导致手足口病，当此型病毒感染导致患儿疱疹局限于咽腭弓、悬雍垂、软腭等处时，可以诊断为疱疹性咽峡炎。
如果疱疹发展至手掌、足底及臀部时，可以诊断手足口病。但是手足口病还可以由其他肠道病毒感染引起，如肠道病毒71型和柯萨奇B组病毒、埃可病毒某些血清型。
普通型手足口病和疱疹性咽峡炎均一周左右可治愈，但是部分手足口病重症病例可能危及生命。