肾区疼痛最常见的原因是泌尿系结石，尤其是输尿管结石导致。突然产生肾区疼痛，急性肾绞痛大多是由于结石所致，而且大部分发生于输尿管结石，疼痛呈阵发性绞痛。发病原因主要有以下2种：
1.输尿管或肾盏壁水肿和平滑肌缺血使炎症递质增加，激活了更多的疼痛感受器，进一步加重了痛感，同时可引起腹腔神经丛的反射，引起消化系统的症状，常见为恶心、呕吐。
2.输尿管结石及肾结石在肾盂、输尿管内活动或者突发嵌顿，导致上尿路梗阻，即肾积水，由于管腔内壁张力增加，这些部位的疼痛感受器受到牵拉后引起剧烈疼痛。