引起男性尿道口疼痛的原因之一是致病菌感染。不洁性行为后，性伴侣生殖道致病菌入侵尿道引起感染，炎性刺激导致尿道口疼痛。卫生护理不好、包皮过长或包茎，致病菌在尿道口滋生、繁殖、感染，也容易引起尿道口疼痛。
男性尿道口疼痛的另一原因是外力损伤，常发生于过度手淫性行为后，或者是性过程中动作粗暴，尿道口受到较大的外力摩擦、刺激，发生损伤性疼痛。
可就诊到泌尿专科，查看尿道口外观、形状，辅助尿液常规以及局部的分泌物涂片化验检查，可明确尿道口疼痛的疾病诱因。