非淋菌性的尿道炎主要进行相应的分泌物的病原菌培养，以及血常规、支原体、衣原体、尿常规等辅助检查。通过以上检查，一般可以确诊是哪一种致病菌所导致的。
病程较长的患者有可能是支原体感染，如果检查确诊是这种致病菌，可以通过静脉点滴大环内酯类的抗生素进行杀灭病原菌的治疗。也可以做一下药物的敏感试验，根据敏感试验选择抗菌药物抗炎治疗。
在炎症急性期，避免进行性行为，不然有可能会造成交叉感染，把疾病传染给性生活对方。另外，性生活刺激对疾病的恢复也是不利的因素。