马尔尼菲青霉菌病出现之后，如果得到及时治疗，不再接触这种青霉菌，复发的概率并不是特别的高。
这种马尔尼菲青霉菌本身属于一种真菌，所以在出现这种疾病已经确诊的情况下，建议选择抗真菌类的药物为主。比如两性霉素B、伊曲康唑等药物，这些药物无论是通过口服，还是通过静脉输液等方式，进入人体之后，都能够抑制这种马尔尼菲青霉菌的代谢和繁殖，从而随着时间的推移而逐渐杀灭这种青霉菌，能够使因轻微菌感染而导致的诸多症状逐渐消退，从而达到治疗的效果。只要不再接触这种疾病，基本不会复发。
但是，如果没有脱离疫区或者是免疫力非常低的情况下，也存在一定复发概率。