任何疾病在进行药物治疗的过程中，都有可能会出现副作用，所以治疗肾病综合征的药物也有可能会出现副作用。
通常治疗肾病综合征最常见的药物就是糖皮质激素，如果不适当地使用该药物，患者可以出现的副作用有很多，比如会导致患者出现股骨头坏死、血糖紊乱、血压升高，也会导致患者出现痤疮、失眠、满月脸、水牛背，甚至会引起患者出现精神症状。
另外，肾病综合征患者也需要使用免疫抑制剂，比如环磷酰胺、他克莫司、来氟米特片、雷公藤多甙等，在使用这些药物的时候，容易导致肝功能受损，出现转氨酶的升高，也会容易引起白细胞的降低，也会引起性腺功能紊乱，影响男子精子质量等。