良性纵隔囊肿种类繁多，不同类型的疾病可有不同的临床症状，良性纵隔囊肿属纵隔肿物中的一类。
一般临床常见气管、支气管囊肿、食管囊肿、胃肠囊肿、心包囊肿、胸腺囊肿等，纵隔内气管支气管囊肿。常见的临床症状包括呼吸困难、持续性咳嗽以及喘鸣等，在活动时症状尤为明显。
多数食管囊肿患者临床无症状，少数患者可因压迫食管而出现吞咽困难。胃肠囊肿临床症状出现较早，在气管支气管和食管等部位形成瘘管，引起相应的临床症状。大多数心包囊肿患者不引起临床症状。