皮肤脓肿和皮肤囊肿的区别有以下几点：
1.它们形成的机制不一样。皮肤脓肿是由于细菌或者病毒等病原体感染皮肤，在皮肤下方繁衍增殖，先是引起皮肤红肿，如果没有及时治疗，就会逐渐形成一个脓肿，一般都是金黄色葡萄球菌感染所致。而皮肤囊肿根据分类的不一样，可由于手术或者外伤导致上皮细胞植入皮下形成，也有的和遗传有关；还有的是由于先天发育的异常所致。
2.它们的症状不一样，皮肤脓肿经常有红、肿、热、痛的表现，严重的表面还有波动感。皮肤囊肿亦可表现为突出皮肤的丘疹或者小包块，边缘光滑、活动度好，一般没有红、肿、疼痛的表现。