新生儿痤疮的发病原因需要根据其具体情况来进行分析，不同大小的新生儿痤疮的发病原因是不相同。
新生儿痤疮如果是发生于出生后的1个月之内，通常是由于母体环境因素所造成。一些女性患者在怀孕后血液中激素水平比较高，则会导致新生儿毛囊皮脂腺分泌比较旺盛。在新生儿出生后，虽然周围环境的激素水平已经发生改变，但是毛囊皮脂腺分泌水平不会短时间恢复，会导致痤疮的发生。
如果新生儿出生后1个月到2岁之间发生痤疮，考虑有可能存在比较严重的家族史。