扁平苔癣的治疗对于面积比较大的患者，需要全身用药，比如口服糖皮质激素、抗组胺药、羟氯喹、维a酸制剂、免疫抑制剂、免疫调节剂等等，常用的糖皮质激素有口服的泼尼松、甲泼尼龙，抗组胺药有西替利嗪、氯雷他定。维甲酸类药物主要是口服的阿维A胶囊和维胺脂胶囊。免疫抑制包括甲氨蝶呤、环磷酰胺等等。
局部治疗可外用糖皮质激素霜剂，根据强弱的不等，包括丁酸氢化可的松、去炎舒松软膏、卤米松软膏、氟米松软膏等等，或者维A酸类制剂的维甲酸类的维A酸软膏、5%到10％的煤焦油制剂、5%的水杨酸软膏等等，也可以采用物理疗法，如光化学疗法、液氮冷冻、激光或者浅层x线照射。
部分患者可以适用局部封闭的药物，比如激素在皮损内多点的注射。