2次体外碎石还没有碎下去，可能是结石与周围组织粘连严重，不易击碎或碎石后卡顿在输尿管难以排出。
还有一些结石质地太过坚硬，比如胱氨酸和草酸钙结石，不容易被击碎，这种情况之下建议改用其他方法来治疗结石。如果结石在中下段输尿管，可在直视下用输尿管肾镜取石或碎石术。
如果结石在肾盂肾盏处，且直径大于2.5cm，可经腰背部细针穿刺送入肾镜，达到肾盂肾盏处取石或碎石术治疗。如果上述方法都无法将石头取出或结石引起严重的肾损伤、肾功能衰竭，或合并肾积脓时，需要部分或全部切除病变肾脏。