早上肚子经常疼，通常是胃肠道功能紊乱造成。胃肠功能紊乱最常见的为胃肠道功能紊乱疾病，即肠易激综合征，典型症状是腹痛、腹泻、排便后疼痛缓解，分为便秘型和腹泻型。除此之外，胃肠道器质性疾病，如胃溃疡、十二指肠溃疡或结直肠炎等，也可能引起晨起肚子疼痛。
另外，早上起来以后由于交感和迷走神经有交替，所以肠道会有蠕动功能方面的异常，包括胃酸分泌异常，也会引起肚子疼。
应注意的是，患者除了肚子疼以外，有没有其他伴随症状，如大便习惯改变、性状改变。如果有这种情况需要做便常规或者肠镜，排除严重疾病，如炎症性肠病甚至肠道肿瘤等。