皮脂腺异位症与尖锐湿疣来进行区分，主要在皮肤表面的形态上和实验室检测结果上。
皮脂腺异位症主要是出现在包皮部位的一些小丘疹，呈密集排列，一般融合成片，不疼不痒，用手触摸表面柔软而光滑。而尖锐湿疣则可以出现在生殖器表面的任何部位，无论是龟头、冠状沟、阴囊，还是肛周都可能会出现。表现为突起于皮肤的菜花样改变，用手触摸表面粗糙，触碰之后比较容易出血。
而在实验室检查方面，皮脂腺异位症做人类乳头瘤全套分型检测时都是阴性。而尖锐湿疣做这种检测的时候，可以发现低危型六型、十一型或者是高危型十六型、十八型出现阳性。