眼结石的主要危害就是会导致患者局部的异物感非常明显，严重情况下可能会导致患者反复流泪。此外，会导致局部被结石摩擦致结膜受损，导致结膜明显充血。如果继发细菌感染，还可能会导致出现细菌性结膜炎。
出现上述危害的主要原因是因为眼结石质地较硬，类似于小石子，但眼结石一般位于睑结膜下，被结膜组织包裹，一些小的结石不会引起不适的症状。
但是，较大的结石或者位置比较浅的结石，就容易在局部反复去摩擦眼球，从而导致患者出现明显的异物感。