表皮样囊肿是有可能会复发的，表皮样的囊肿是否复发主要与表皮样的囊肿是否完整的切除有密切的关系，如表皮样的囊肿手术时连着包膜完整的切除则不会引起复发的。但若表皮样囊肿手术时伴有包膜的残留，或者是包膜内物质未完全地清除则可能会导致表皮样囊肿的复发。
表皮样囊肿的治疗对于颅内无颅高压或神经受压出现明显症状者、颅外头皮下未影响容貌者可以考虑暂时进行观察并保守治疗，定期复查。
但对于伴有明显颅内压增高及神经功能的障碍者，以及颅外影响容貌的表皮样脑囊肿均考虑积极行手术治疗。