尿毒症期也是慢性肾脏病的终末期。关于尿毒症的鉴别诊断，首先需要与肾前性的氮质血症相鉴别。在患者有效血容量补足24-72小时之后，一般来说，肾前性的氮质血症患者肾功能可以恢复，而慢性肾功能衰竭尿毒症期患者肾功能则难以恢复，需要肾脏替代治疗。
其次，尿毒症还需要与急性肾功能衰竭相鉴别。往往可以根据患者的病史可以做出鉴别，在患者病史欠详细时，可以借助影像学检查，如彩超、CT等或者肾图检查进行分析。如果患者出现双肾的明显缩小或肾图提示慢性病变，则支持慢性肾衰竭的诊断。此外，还需要与慢性肾衰竭并发急性肾衰竭相鉴别。如果慢肾衰较轻而急性肾衰竭相对突出，其疾病发展符合急性肾衰竭的演变过程，可以称为慢性肾衰竭合并急性肾衰竭，它的处理原则与急性肾衰竭是相同的。但是，如果肾衰竭本身已经相对较重了或在病程加重过程中未能反映急性肾衰竭的演变，则称之为慢性肾衰竭急性加重。