射精的时候有点疼可能为前列腺炎疾病所引起，因为男性在射精时主要是将储存在精囊，或者睾丸、附睾当中的精液经由前列腺精阜开口排入尿道，再排出体外。如果本身患有前列腺炎疾病，精液由前列腺通过时，就会产生一定的刺激性，进而产生疼痛感。
还可能为输精管炎、精囊炎等生殖系统感染性疾病所引起。由于生殖系统内部存在炎症感染，导致局部产生炎性改变，致使黏膜充血、水肿，甚至严重者可伴有局部渗出表现。射精时会造成生殖系统器官收缩，对水肿的黏膜形成刺激，进而引起射精疼痛。
建议出现射精疼痛症状时，及早就诊，确定病因后对症进行治疗。