精子畸形率高会使正常的精子减少，从而降低男性的生育能力，严重时会导致不育。
畸形率高也会增加女性怀孕后的风险，可能会导致畸形胎儿或早期流产，因此存在精子畸形率高的男性应禁止生育，避免造成不良后果。
应当应去医院进行详细的检查，明确引起精子畸形率高的原因，如果存在生殖系统感染性疾病，则应给予相应抗生素类药物治疗。如果存在精索静脉曲张疾病，要采取药物治疗或手术治疗的方法予以根治，患者也可服用一些抗氧化药物改善精子畸形。