疣状表皮痣出现之后，可以选择手术切除。当然，这种情况只适合于皮损面积较小的疣状表皮痣。
而对于大面积的疣状表皮痣，则建议选择使用物理治疗。可以使用皮肤微晶消磨术，这样能够将凸起于皮肤的疣状改变，逐渐消退掉，从而达到治疗的效果。
而手术切除之后，需要缝合，一般在7~10天拆线，在切除之后需要预防感染。不然局部可能会沾染细菌，引发红肿、疼痛、破溃、糜烂等现象，对人体的健康不利。
除了选择手术治疗之外，还可以配合一些外用药物进行调节，可以直接外涂维A酸软膏，也可以选择使用一些酸性的药膏进行涂抹。而外用糖皮质激素，也有一定的改善效果。