纵隔囊肿的症状主要以压迫的症状为主，纵隔内的器官比较多。纵隔可以压迫食管，导致患者出现吞咽困难，而且呈进行性加重，需要和食管癌鉴别。
纵隔囊肿还可以对气管造成压迫，患者可以出现咳嗽的症状，多以干咳为主。如果气管压迫比较明显，患者还可以表现为不同程度的呼吸困难。
纵隔囊肿还可以对神经造成压迫，如果压迫感觉神经，患者可以出现胸痛的症状，疼痛多呈持续性；如果压迫迷走神经患者可以出现声音嘶哑的症状。