虹膜新生血管最严重最主要的并发症就是新生血管性青光眼。它是由于眼部缺血缺氧性的血管性疾病，使眼底产生很多不健康的新生血管芽向前爬到虹膜，阻塞房角，引起的一类新生血管性青光眼。新生血管阻塞房角，并且造成房角的粘连，甚至导致瞳孔组织瞳孔区的粘连，使前后房水沟通不畅，导致眼压升高。伴有严重的眼痛、畏光、角膜水肿，视力影响非常大。
成年人双眼新生血管性青光眼几乎都是由于糖尿病性视网膜病变所致，另外像视网膜中央动脉阻塞、视网膜肿瘤也会导致虹膜新生血管的发生，一旦出现新生血管性青光眼，一般来说都要通过手术来治疗控制眼压。