由于联合瓣膜病变多由风湿性心脏病(RHD)引起，故其并发症多与风湿性心脏病有关：
⑴心房纤颤(Af)：Af是最常见的心律失常，发生率50%以上，为相对早期的并发症，有时为首发病症，也可为首次呼吸困难发作的诱因或体力活动受限的开始。开始房早→房速→房扑→阵发房颤(PAf)→慢性持续Af→永久性Af。
⑵急性肺水肿：此为严重并发症，，特别是在早期，右心功能还好时，常于剧烈体力活动、情绪激动、感染、妊娠分娩、并发AF或其它快速心律失常，而诱发急性肺水肿。表现为：呼吸困难；紫绀；不能平卧、端坐呼吸；咳粉红色泡沫样痰；双肺布满干湿性罗音，如不及时救治，可能致死。
⑶血栓栓塞：巨大左房(>5.5cm)；AF：CO减少为体栓塞的危险因素。来自左房→20%发生体循环栓塞；80%体循环栓塞者有AF；1/4体循环栓塞者有反复和多发；2/3体循环栓塞为：脑栓塞→偏瘫失语；四肢动脉栓塞→肢体的缺血、坏死；肠系膜上动脉栓塞→小肠坏死、出血性肠炎；肾动脉栓塞→血尿；脾栓塞→脾区疼痛。右心衰右房附壁血栓和/或盆腔静脉、下肢深静脉血栓→肺动脉栓塞；左房大块血栓或带蒂血栓→堵塞二尖瓣口→猝死。
⑷心力衰竭：为晚期并发症是RHD的主要致死原因，心衰在RHD发生率占50%～70%，剧烈活动、妊娠、活动风湿常常是诱发因素。
⑸感染性心内膜炎：发生率6%～10%，发生在瓣膜病的早期，晚期瓣膜钙化或心房颤动者更少见；多见于MI、AI，单纯MS少见。
⑹呼吸道感染：在肺淤血的基础上，很容易出现，常见。合并细菌感染，加重心衰。但肺淤血不利于TB的生长，不易合并肺内TB。