多腺体缺陷综合征的治疗，主要措施是激素替代治疗，纠正激素分泌的不足。
首先是甲减的治疗，一般要补充铁剂、维生素b12、叶酸等，食欲不振，适量补充稀盐酸；甲状腺素替代治疗，可以应用左旋甲状腺素顿服，2到3个月，根据甲状腺功能的测定调整用量，以长期维持；粘液性水肿昏迷，需要静脉注射lt3，患者清醒后改为口服，无注射剂者给予t4片或干甲状腺素片，清醒后改为常规的替代治疗，适当补充体液及病因治疗。
第二个就是继发性性腺功能低下的治疗，男性患者可用促性腺激素类药物治疗。