甲亢的病因可以分为甲状腺性的甲亢，最常见的有Graves病，这种疾病的发病原因和自身免疫功能紊乱有关系。
再有碘甲亢，是因为碘化物摄入过多而引起的甲亢，以及多结节性毒性甲状腺肿、毒性甲状腺腺瘤等等，这些具体的病因并不是特别明确。除了甲状腺性的甲亢以外，还有垂体性的甲亢，有垂体的TSH瘤，当然这种病因并不是特别常见，体内有些恶性肿瘤可以分泌类似于TSH的物质，也可以引起甲亢。
再有就是医源性的甲亢，医源性的甲亢主要是甲减的患者在给予甲状腺激素的替代治疗时可能会诱发甲亢。