先天性巨结肠可以打预防针。先天巨结肠为先天发育结构异常而导致的疾病，而非急性的、非代謝性的、非感染性的，孩子生理、生化等方面未发生紊乱，因此可以打预防针，在儿童计划免疫范围内的疫苗都很安全。
但如果先天性巨结肠的患儿出现发热、感冒、过敏、急性肠胃炎、肝肾功能不全时，则与正常孩子一样也不能注射疫苗。当机体抵抗力较差时，如处于结核活动期、麻疹、水痘、传染性单核细胞增多症等疾病时，不能注射减毒活疫苗。
先天性巨结肠是由于先天性的结肠痉挛，此段痉挛的结肠没有神经节细胞，致近端肠管扩张。治疗先天性巨结肠主要选择手术治疗，目前主张尽早手术治疗，否则会影响孩子的生长发育。