巧囊术后怀孕概率的大小，需要根据患者术前抗苗勒氏管激素水平的高低、窦卵泡数的多少评估卵巢功能，还需要结合患者年龄的大小、巧囊病灶的大小、是单侧巧囊还是双侧巧囊，以及是否有其他造成怀孕概率降低风险因素，进一步评估。
如果在做手术以前做各项检查评估卵巢功能已经是低储备状态，这种情况下做手术以后生育能力会进一步地下降。
如果是做手术以前女性年龄低于35岁，卵巢储备功能还可以，并且是单侧的巧囊，输卵管功能状态正常，这种情况术后怀孕的概率就比较大。如果是双侧都有比较大的巧囊，并且患者年龄大于35岁，术后自然怀孕的概率会明显降低。