婴儿母乳性黄疸虽然是一种良性的疾病，但是也需要使用一些药物进行调理，比如苯巴比妥，能够使婴儿体内的胆红素水平降低，从而达到治疗的目的，也可以使用一些能够调整肠道环境和微生态的药物，比如双歧杆菌三联活菌散。
在使用药物治疗时，还可配合使用其他物理疗法进行治疗，比如蓝光治疗。在治疗的过程当中也要注意母乳的调整，应当先暂停母乳喂养，并且根据婴儿病情的发展，适当地加减母乳的次数和量。
经过积极有效的治疗，大多数的母乳性黄疸都能被治愈，一般不会造成太大影响。