对于诊断明确的小儿传染性单核细胞增多症，需要吃阿昔洛韦、更昔洛韦等抗病毒的药物。
因为小儿传染性单核细胞增多症的感染病因是EB病毒，这种病毒对人体的感染程度比较严重，影响范围比较广泛，普通的抗病毒药物没有效果。所以在治疗过程中，要选择这种强力的抗病毒药物，一般用药1~2周。在治疗过程中，要注意观察病情的变化和并发症的发生。
对于严重的病例，可能还需要应用糖皮质激素。治疗过程中还需要注意防止肝、肾的损伤，需要适当地口服维生素C和保肝的药物，做好定期的复查。对于严重病例，可能需要采取二次治疗。