非淋菌性尿道炎患者先不要擅自用药，应去医院做详细的检查，提取尿道内的分泌物，通过细菌培养以及药敏实验，确定致病菌的类型，选择相应药物治疗。
如果是支原体或者衣原体感染所引起的非淋菌性尿道炎，可选用口服药物治疗，比如阿奇霉素、环丙沙星。如果病情比较严重，可选择盐酸多西环素进行静脉输液治疗。
非淋菌性尿道炎治疗周期长，因此患者需要足疗程用药，在治疗期间也要做好护理，防止逆行感染到生殖系统，在治愈后，也应定期去医院复查，防止反复发作。