单纯的甲状腺囊肿一般不会导致免疫力下降。如果患有甲状腺囊肿以后，存在甲状腺功能异常现象时，有可能会导致免疫力下降。
多是因为出现甲状腺功能异常后，有可能会对身体内分泌造成影响，进而患者会出现身体不适症状。可能会导致患者对营养物质摄入量不足，引起自身的免疫力下降。而且还很容易受到细菌、病毒感染，出现其他并发症或者是疾病的几率也会增加。
甲状腺囊肿的患者，需要根据囊肿大小、患者所出现的症状及甲状腺功能，决定治疗方法。一般对于囊肿比较小者不需要治疗，囊肿比较大的需要进行手术治疗，而且甲状腺功能出现异常时，需要调整甲状腺功能。