龟头疼痛可能是泌尿系统炎症、龟头炎症引起，也不排除是阴茎充血导致。
泌尿系统炎症比较常见，由于泌尿系统受到病原体入侵，导致泌尿系统黏膜受到不同程度的损伤，而引起尿道口局部红肿、疼痛，也可放射到龟头部位出现放射性疼痛。
也有可能是龟头炎症引起，通常见于包皮过长、包茎的男性。由于没有注意局部卫生，滋生大量细菌，龟头局部受到细菌或者真菌感染，导致发炎、红肿、疼痛的现象。也可能是阴茎频繁充血，有过度手淫史，安排过多的性生活等，引起龟头局部疼痛。