肾结石的治疗需要根据相应的症状及结石大小来决定。如果患者平时没有明显的症状，并且只是在查体时发现有肾结石，结石体积较小，可以无需治疗，每天多喝水，注意复查即可。对于引起相应的症状，体积在两厘米以下的肾结石，可以应用体外冲击波碎石。
如果患者因结石导致积水时间较长，可以先放置双J管引流，以保护肾功能，避免感染，待输尿管扩张及感染控制后，可以行二期手术输尿管软镜治疗。如果患者的结石体积较大并且相对复杂，此时可以行经皮肾镜手术治疗，必要时可以考虑开放手术治疗。