肉孢子虫病潜伏期，目前缺乏明确的流行病调查资料，其主要是由于部分肉孢子虫病人群感染后，不出现典型临床症状，或者临床症状较轻，不容易被临床确诊，从而未纳入流行病学调查范畴。
部分敏感人群在肉孢子虫病感染后，可在1~2周内出现典型临床症状。常见于腹痛、腹泻、发热、呕吐等临床表现。
如早期进行治疗，一般治疗效果较好，不留有明显后遗症。但如果治疗较晚，可因严重并发症而存在一定死亡风险。