男性阴茎发育不正常的治疗处理措施，需要根据情况制定。
青春期由于营养素供给不足、内分泌失调、性激素水平低下，影响阴茎正常发育。首先是饮食结构调整，增加奶类、肉类等营养食材。由于包皮粘连、包茎，导致影响阴茎正常发育，需要手法分离粘连、包皮环切手术治疗。
性发育成熟后观察到阴茎发育异常，药物治疗无效，需要结合性激素化验、染色体等相关检查，可考虑阴茎延长增粗手术治疗。由于发育畸形、尿道下裂引起的阴茎发育不正常，可考虑尿道成形矫形手术修复。