菌尿有可能会影响胎儿。正常情况下尿液中一般是无菌的，菌尿说明尿液中含有了细菌，通常是尿路感染引起，大多是大肠杆菌、葡萄球菌、链球菌等致病菌。
如果孕妇没有出现任何症状，有可能是隐性感染，这种情况下一般不会对胎儿造成影响。但孕妇如果伴有了尿频、尿急、排尿疼痛等临床症状，如果不积极治疗任由其发展，会对胎儿造成影响。尤其是在怀孕的早期，有可能会引起先兆流产。
因此，一旦发现有菌尿，要积极地在医生的指导下治疗，避免对胎儿造成影响。平时要大量喝水，通过多小便冲刷尿道，也有改善菌尿的作用，