遗精后小便很痛的原因很多，需要明确病因后才能对症处理。
遗精后小便很痛的原因可能是精囊炎、前列腺炎、尿道炎等，当然长时间禁欲后遗精也会引起遗精后小便很痛，因为前列腺液及精囊液是精液的重要组成部分。
当患者有前列腺炎或精囊炎时就会引遗精时刺激尿道，造成小便很痛的情况，当尿道炎一般正常排尿就会引起尿痛的情况，这两种情况需要进行抗炎治疗。
长期禁欲后，会造成遗精后精液较正常精液更粘稠，可能会刺激尿道造成小便很痛的情况，一般这种情况是不需要用药进行处理，有可能自行恢复。