新型冠状病毒感染之后，有一少部分患者可以出现头疼、嗅觉丧失。出现头疼主要见于以下两个方面：
第一，发热伴有头疼。主要的原因是在致热原的作用下，体温调节中枢上调，期间前列腺素E2分泌增多。而前列腺素E2本身是一种致痛剂，可以引起头疼、关节肌肉疼痛。
第二，颅压升高引起的头疼。新冠病毒感染之后，有极少数的患者会出现脑炎、脑膜炎的表现。而脑炎、脑膜炎会导致颅内压升，颅内压升高之后可以出现头疼。
嗅觉的丧失，有研究者发现，新型冠状病毒可以侵犯嗅觉感受器的支持细胞，可以导致其充血、水肿，使得嗅觉感受器失灵，这样就可以引起嗅觉的丧失。