隐匿性肾小球肾炎主要要跟原发性肾小球肾炎其他的临床分型相鉴别。
第一个是急性肾小球肾炎，这种肾炎多数起病比较急，多由细菌病毒等感染而诱发。以甲型溶血性链球菌。最为常见。通常是以血尿蛋白尿为主要表现。经常伴有肾小球滤过率下降。水肿、高血压，严重的时候，可以导致左心衰竭，高血压脑病。病理表现为毛细血管内皮细胞增生、血液肾炎。
第二种需要鉴别的是急进性肾小球肾炎。这种肾炎，起病也很急。可在数日内数周或者数月内肾功能急剧恶化，以少尿或者无尿为多见。病理类型为新月体肾炎。
第三种是慢性肾小球肾炎。这种肾炎疾病比较隐匿，病程比较长，有不同程度的蛋白尿和血尿、可有水肿、高血压和不同程度的肾小球滤过功能减退。病理类型表现复杂多变、可以是膜性肾病，薄基膜病，毛增生性肾炎或者局灶节段性系膜增生性肾炎，或者局灶阶段性性的肾小球硬化等等。
隐匿性肾小球肾炎，它的病理类型通常比较轻，绝大部分比较隐匿，病因不明，其发生可能与免疫有关。疾病也类型表现，可以为局灶阶段性的系膜增生，早期膜性肾病，IGa肾病，膜性肾病早期膜增生性等类型。