肝内钙化灶的常见原因有肝内慢性炎症或创伤，如慢性肝炎、肝脓肿、肿瘤如肝血管瘤等，除此之外，肝内胆管结石、寄生虫感染、先天发育异常也是诱发疾病的原因之一。
对于慢性肝炎、肝脓肿或寄生虫等引起的肝部钙化灶，通过早期积极、正规、有效的治疗后，部分病灶可以逐渐消失，但临床上大部分病灶都是疾病长期刺激的结果，完全消失的概率较小。
对于肝部钙化灶而言，要针对原发病进行治疗，病灶本身通常对肝脏没有明显的影响，只需要定期观察和随诊即可。