性功能障碍和生殖器发育有一定的关系。如果患者存在生殖器发育不良或异常的现象，就会对性功能造成影响，较为常见的生殖器发育不良有三种情况。
第一，包茎和包皮过长，导致龟头没办法显露，这种情况不但能影响性功能导致早泄，还会对排尿功能造成影响，目前可通过手术来解决。
第二，阴茎短小，这种情况大多为先天，阴茎短小的患者，很容易会造成自卑心理，从而影响性功能，导致出现性功能障碍。
第三，双阴茎，这种情况极为少见，患者容易产生自卑心理影响性功能，需要进行手术治疗。