儿童流感的并发症有：
第一，细菌性肺炎。流感起病后2~4天内，病情进一步加重，或者在流感恢复期的病情加重，出现剧烈咳嗽、高热、脓性痰、呼吸困难、肺部湿性啰音等症状，外周血白细胞总数以及中性粒细胞明显增多。
第二，其他病原菌感染所导致的肺炎，包括支原体、衣原体、真菌等。流感患者的肺炎经过常规抗感染之后无效，考虑真菌感染的可能性。
第三，心脏损害。该种并发症并不多见，主要是有心肌炎、心包炎，出现肌酸肌素酶升高、心电图异常或者是肌钙蛋白异常，严重患儿还会出现心力衰竭。
身体各个系统，流感的并发症都有可能出现。