咽峡炎与疱疹咽峡炎区别主要表现在病因、临床症状以及治疗方式等：
1.病因。咽峡炎主要是细菌感染造成，少数是病毒感染引起。而疱疹性咽峡炎，主要是柯萨奇A组病毒感染造成，有传染性，比如可经过消化道、呼吸道传染。
2.临床症状。疱疹性咽峡炎会出现剧烈的咽痛，且会伴有发热现象，主要是高热。咽峡炎主要表现在咽部疼痛，疼痛程度没有疱疹性咽峡炎明显，而且全身症状不严重，很少出现发热。
3.治疗方式。咽峡炎主要使用抗生素治疗，少数辅以抗病毒治疗。疱疹性咽峡炎主要是抗病毒治疗。